Zoekmachines hebben moeite met het uitvoeren van een JavaScript; delen van de website die gegenereerd worden door middel van een JavaScript worden niet of slecht geïndexeerd. Het is hierbij dus van belang dat er geen content, belangrijke links of andere website elementen, zoals bijvoorbeeld de menu-items, door middel van JavaScript ingeladen worden. Google ondersteunt JavaScript sinds enige tijd in beperkte mate, maar deze ontwikkeling is nog in een vroeg stadium en verre van ideaal. Om indexatie problemen door de zoekmachines te voorkomen is het aan te raden om belangrijkste elementen van de website niet in JavaScript te maken.